Mikrocentrifugos skirtos mažo dydžio mėginių atskyrimui, pavyzdžiui, mikro mėgintuvėliams. Kompaktiško dydžio centrifugos idealiai tinka ląstelių atskyrimui ir HPLC mėginių paruošimui. Šios centrifūgos yra elektroninės, gali turėti skaitmenines sąsajas bei šaldymo galimybes.