Šie liofilizatoriai skirti didesnių apimčių laboratorijos poreikiams tenkinti, produktų kūrimui, nedidelio našumo gamybai. Pilotiniai liofilizatoriai statomi ant grindų. Kondensoriaus ledo talpa nuo 5 iki 40kg užimamas grindų plotas iki 2.7m², priklausomai nuo dizaino.